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M E M ( D e n g L a b ) – M e t a g e n o m i c s f o r E n v i r o n m e n t a l M i c r o b i o l o g y 跳 过 内 容 N o r e s u l t s D o w n l o a d G a l l a r y h o m e M e m b e r s P u b l i c a t i o n s R e s e a r c h D i r e c t i o n s R e s o u r c e s t e s t M E M ( D e n g L a b ) M e t a g e n o m i c s f o r E n v i r o n m e n t a l M i c r o b i o l o g y h o m e R e s e a r c h M e m b e r s P u b l i c a t i o n s R e s o u r c e s D o w n l o a d G a l l a r y S e a r c h M E M ( D e n g L a b ) M e t a g e n o m i c s f o r E n v i r o n m e n t a l M i c r o b i o l o g y 菜 单 D e n g l a b M e t a g e n o m i c A n a l y s i s P i p e l i n e ( D M A P ) T h i s a n a l y s i s p i p e l i n e i s b u i l t a n d m a i n t a i n e d b y D e n g L a b a n d i t i s s u i t a b l e f o r h i g h t h r o u g h p u t s e q u e n c i n g d a t a a n a l y s i s , f o c u s i n g o n a m p l i c o n s e q u e n c i n g d a t a ( 1 6 S r R N A , I T S , 1 8 S r R N A a n d f u n c t i o n a l g e n e s ) . S t a r t N o w i N A P ( i n t e g r a t e d N e t w o r k A n a l y s i s P i p e l i n e ) T h i s a n a l y s i s p i p e l i n e i s b u i l t a n d m a i n t a i n e d b y M e t a g e n o m i c s f o r E n v i r o n m e n t a l M i c r o b i o l o g y ( M E M ) ( D e n g L a b ) a n d i t i s u s e d t o m o d e l , a n a l y z e a n d m a n a g e t h e t h e M o l e c u l a r E c o l o g i c a l N e t w o r k s ( M E N s ) f o r a d j a c e n t m a t r i x a n d I n t e r D o m a i n E c o l o g i c a l N e t w o r k s ( I D E N s ) f o r b i p a r t i t e m a t r i x f r o m m e t a g e n o m i c d a t a s e t s , e . g . G e o C h i p a n d S e q u e n c i n g , a n d s y n c h r o n o u s p l a n t s u r v e y s , i n c l u d i n g M o l e c u l a r E c o l o g i c a l N e t w o r k A n a l y s i s ( M E N A ) P i p e l i n e a n d I n t e r D o m a i n E c o l o g i c a l N e t w o r k A n a l y s i s P i p e l i n e ( I D E N A P ) . S t a r t N o w R a p i d D E g e n e r a t e P r i m e r d e s i g n p r o g r a m T h i s a n a l y s i s p i p e l i n e i s b u i l t b y D e n g L a b . I t i s u s e d f o r s e q u e n c e d a t a b a s e m a n a g e m e n t a n d p r i m e r a s s e s s m e n t . S t a r t N o w A n t i b i o t i c R e s i s t a n c e G e n e A n a l y z e r ( A R G A ) T h i s p i p e l i n e i s u s e d f o r a n t i b i o t i c r e s i s t a n c e g e n e s ( A R G s ) a n a l y s i s b a s e d o n t h e S e q u e n c e D a t a b a s e f o r A R G s ( S D A R G ) . S t a r t N o w N i t r o g e n C y c l i n g F u n c t i o n a l G e n e A n a l y z e r ( N c y c F u n G e n ) T h i s p i p e l i n e i s u s e d f o r n i t r o g e n f u n c t i o n a l g e n e a n a l y s i s b a s e d o n t h e S e q u e n c e D a t a b a s e f o r N c y c F u n G e n . S t a r t N o w R e p r o g r a m m e d E x p e c t a t i o n M a x i m i z a t i o n I t e r a t i v e R e c o n s t r u c t i o n o f G e n e s f r o m t h e E n v i r o n m e n t ( R E M I R G E ) I t i s u s e d f o r r e c o n s t r u c t f u l l l e n g t h f u n c t i o n a l ( o r r i b o s o m a l ) g e n e s f r o m m i c r o b i a l c o m m u n i t y s h o r t r e a d s e q u e n c i n g d a t a . S t a r t N o w P r e v i o u s N e x t M e t a b o l i c i n t e r d e p e n d e n c i e s i n t h e r m o p h i l i c c o m m u n i t i e s a r e r e v e a l e d u s i n g c o o c c u r r e n c e a n d c o m p l e m e n t a r i t y n e t w o r k s X i P e n g , S h a n g W a n g , M i a o x i a o W a n g , K a i F e n g , Q i n g H e , X i n g s h e n g Y a n g , W e i g u o H o u , F a n g r u L i , Y u x i a n g Z h a o , B a o l a n H u , X i a o Z o u & Y e D e n g * . N a t u r e C o m m u n i c a t i o n s , 2 0 2 4 1 5 , 8 1 6 6 R e a d O r i g i n a l P a p e r N e w ! L a t e s t n e w s 2 0 2 4 1 1 1 9 D r . D e n g w a s h o n o r e d a s a H i g h l y C i t e d R e s e a r c h e r 2 0 2 4 b y C l a r i v a t e i n t h e c r o s s f i e l d . T h i s w a s t h e 7 t h H C R a w a r d . F l a g 2 0 2 4 9 9 D r . D e n g w a s w a s r a n k e d i n t h e B e s t E c o l o g y a n d E v o l u t i o n S c i e n t i s t s b y R e s e a r c h . c o m a s n a t i o n a l 1 6 t h a n d g l o b a l 9 4 9 t h . F l a g 2 0 2 4 3 2 7 D r . D e n g w a s h o n o r e d a s a 2 0 2 3 H i g h l y C i t e d C h i n e s e R e s e a r c h e r i n E c o l o g y b y E l s e v i e r . F l a g 2 0 2 3 1 1 1 6 D r . D e n g w a s h o n o r e d a s a H i g h l y C i t e d R e s e a r c h e r 2 0 2 3 b y C l a r i v a t e . T h i s w a s t h e 6 t h H C R a w a r d . F l a g 2 0 2 3 5 5 D r . D e n g w a s r a n k e d i n t h e B e s t E c o l o g y a n d E v o l u t i o n S c i e n t i s t s b y R e s e a r c h . c o m a s n a t i o n a l 1 7 t h a n d g l o b a l 1 0 2 9 t h . F l a g 2 0 2 2 1 1 1 6 D r . D e n g w a s h o n o r e d a s a H i g h l y C i t e d R e s e a r c h e r 2 0 2 2 b y C l a r i v a t e . T h i s w a s t h e 5 t h H C R a w a r d . F l a g 2 0 2 1 1 1 1 5 D r . D e n g w a s h o n o r e d a s a H i g h l y C i t e d R e s e a r c h e r 2 0 2 1 b y C l a r i v a t e . T h i s w a s t h e 4 t h H C R a w a r d i n t h e f i e l d o f C r o s s F i e l d f o r D r . D e n g s i n c e 2 0 1 8 . A c c o r d i n g t o t h e W e b o f S c i e n c e s , t h e m a j o r f i e l d s o f D r . D e n g w e r e c l a s s i f i e d i n t o M i c r o b i o l o g y a n d E n v i r o n m e n t a l S c i e n c e . F l a g 2 0 2 1 9 1 D r . D e n g s t a r t e d t o s e r v e a s a s e n i o r e d i t o r f o r t h e I S M E J o u r n a l , w h i c h i s t h e f l a g s h i p j o u r n a l o f t h e I n t e r n a t i o n a l S c o c i e t y o f M i c r o b i a l e c o l o g y . A t 2 0 2 1 6 1 D r . D e n g s t a r t e d t o s e r v e a s a n a s s o c i a t e e d i t o r f o r b o t h M i c r o b i o m e a n d E n v i r o n m e n t a l M i c r o b i o m e j o u r n a l s . B e s i d e s , D r . D e n g i s a n e d i t o r i a l b o a r d m e m b e r o f B M C M i c r o b i o l o g y . A l l t h e s e t h r e e j o u r n a l s a r e B M C s e r i e s j o u r n a l s . A t O u r g r o u p s W e C h a t A c c o u n t : @ 微 生 态 笔 记 C o p y r i g h t © 2 0 2 5 D e n g L a b . A l l R i g h t s R e s e r v e d . W e b s i t e c r e a t e d a n d m a i n t a i n e d b y E m m e t t P e n g 深 圳 东 方 天 意 科 技 有 限 公 司 粤 I C P 备 2 0 2 2 1 0 2 1 3 3 号

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